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生物信息学  061M4025H

学期:2016-2017学年秋 | 课程属性:专业核心课 | 任课教师:陈润生等
课程编号: 061M4025H 课时: 60 学分: 4.0
课程属性: 专业核心课 主讲教师:陈润生等
英文名称: Bioinformatics

教学目的、要求

本课程是为研究生开设的专业必修课程。随着人类基因组计划的完成和各种类型的生物大数据的出现,生物信息学迅速成为生命科学的前沿领域。生物信息学是生物学与物理学、化学、数学、信息科学及计算机科学交叉的学科。研究生物信息的采集、处理、存储、传播,分析和说明等各方面。高通量的实验技术的出现,使得生物大数据呈指数式增长,传统的方法难以处理如此海量的数据。生物信息学作为一门独立的学科,为处理日益增长的生物大数据提供了完备的解决方案。
本课程为学生讲解生物信息学的基本概念、主要研究内容和今后的主要研究方向,建立生物信息学的常识体系,为今后的学习和研究工作打下牢固基础;使学生掌握基本的生物信息学数据库,了解常用的数据分析方法和工具,熟悉高通量实验技术的基本原理和数据的分析流程。

预修课程

生物化学、分子生物学、高等数学

教 材

主要内容

内容提要: 
一、生物信息学现状和重要研究方向 (3学时,教师:陈润生院士)
1、背景先容
2、什么是生物信息学
3、生物信息学的研究内容—几个经典课题
二、新基因和新SNPs的发现与鉴定(3学时,教师:陈润生院士)
1、利用EST数据库(dbEST)发现新基因和新SNPs 
2、从基因组DNA序列中预测新ORF
三、完整基因组的比较研究是一个新方向(3学时,教师:陈润生院士)
四、基于序列数据的生物进化研究当前面临的问题(3学时,教师:陈润生院士)
五、基因组研究的三个突出方面 (3学时,教师:陈润生院士)
1、SNP研究
2、大规模基因功能表达谱的分析
3、干细胞研究进展的权威评述
六、非编码RNA与RNA组(3学时,教师:陈润生院士)
1、非编码RNA与RNA组学研究的源起
2、非编码序列、非编码基因和非编码RNA
3、前景与值得关注的方向
4、本课题组的研究工作
5、非编码领域生物信息学研究的特点与困难
七、生物信息学进一步发展中最值得关心的问题(3学时,教师:陈润生院士)
1、系统生物学的出现与发展
2、非编码区功能研究
八、基因表达分析(3学时,教师:陈小伟)
1、背景先容
2、研究基因表达的实验技术
3、长非编码RNA表达谱芯片
4、基因表达数据分析
九、高通量测序技术及数据分析(3学时,教师:陈小伟)
1、测序技术先容
2、基因芯片与高通量测序的比较
3、高通量测序技术的应用
考试(3学时)

教学方式: 100 % 课堂授课
考核方式:开卷考试(100%)

参考文献

参考书:
1.	生物信息学,D.R. 韦斯特海德等著;王明怡等译,科学出版社 2004
2.	生物信息学,赵国屏等编,科学出版社2002
3.	生物信息学:机器学习方法,皮埃尔•巴尔迪,索恩•布鲁纳克著;张东晖等译,中信出版社,2003

授课时间: 星期三, 第1、2、3节
授课地点: 会议中心报告厅
授课周次: 2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20

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